После финала второй части Эдди Брок и Веном оказываются в положении беглецов: их преследует полиция, уверенная в том, что именно Эдди причастен к исчезновению детектива Маллигана. Но это лишь верхушка айсберга. Вскоре на их след выходят более опасные силы — пришельцы-ксенофаги, жестокие охотники, созданные древним существом по имени Налл. Этот прародитель симбиотов мечтает вернуть утраченную власть, и ключом к его освобождению становится Веном.
Оказавшись между Землёй и космосом, Эдди и Веном пытаются спастись, ведь внутри симбиота спрятан мистический Кодекс — древний артефакт, способный разорвать цепи, удерживающие Налла. Но если хоть один из носителей будет уничтожен, сила исчезнет навсегда. Добавьте к этому охоту спецагентов из Зоны 51 под руководством бескомпромиссной учёной Тедди Пейн и полковника Рекса Стрикленда — и становится ясно, что у героев нет права на ошибку.